内设机构4个：办公室（人事科、党组纪检组）、计划财务科、业务科技与服务管理科、政策法规科。
直属单位5个：市气象台、市生态与农业气象中心、市大气探测技术保障中心、市气象局财务核算中心、市气象服务中心。
地方机构2个：商洛市人工影响天气中心（市防雷减灾中心）、商洛市生态监测服务中心。
